إن رسالة القسم – امتدادا ودعما لرسالة الكلية في تخريج أطباء بيطرين أكفاء – هي إعداد الطالب ليكون على دراية كافية بالتراكيب التشريحية لأجزاء وأحشاء الحيوانات المستأنسة بالإضافة إلي حيوانات التجارب والطيور والأسماك، وأن يكون كذلك قادرا علي تحديد موضع كل منها بدقة بالنسبة لبعضها البعض وبالنسبة لسطح الجسم بما يمكنه من التدخل الاكلينيكي الأمثل.
1. تعليم الطلاب التركيب المورفولوجي لأعضاء الحيوان وكيفية تطورها 2. تدريب الطلاب علي كيفية تمييز أعضاء الجسم في الحيوانات المختلفة ( التشريح المقارن) 3. إكساب الطلاب القدرة علي توظيف أساسيات التشريح في الحالات الإكلينيكية ( التشريح التطبيقي) 4. إجراء البحوث في كافة المجالات المتعلقة بالعلوم المورفولوجية في جميع الحيوانات والطيور والاسماك.